生物有機肥的特點是既有傳統有機肥的作用，又有大量有益生物菌的作用。它既有傳統有機肥的特點，又有生物肥的特點。它克服了有機肥的缺點，也補充了單獨使用生物肥時營養不足的缺陷。有機肥和生物肥同時使用是一種互補的農藝措施。傳統有機肥一般指農家肥。原料大部分用于農田，如畜禽糞便、河泥等。傳統有機肥不使用菌種，自然發酵，發酵微生物是自然環境中的各種微生物。特別是在病害多的地區，環境中的病原微生物也在繁殖，對農作物甚至人體健康都會產生一定的影響。生物有機肥是在一定的封閉環境中，應用非病原有益微生物進行好氧發酵。發酵過程達到60℃以上，消滅病原微生物、雜草種子和害蟲。因此，腐熟的有機肥料沒有影響農業生產的負面因素。為了提高生物菌肥的針對性，一些公司還在腐熟的有機肥中添加純凈的、有針對性的有益微生物，或者通過二次發酵增加微生物菌的含量來增加微生物菌的含量。傳統有機肥為了提高腐熟度， 延長腐熟時間，由于有機質進入厭氧發酵，產生大量臭氣，會損失有機肥的肥力 。如果縮短發酵時間， 腐熟度又不夠，會增加病蟲草害，影響植物的營養吸收，有時有燒根、燒苗現象發生 。生物有機肥可以解決這些傳統有機肥的缺陷。生物有機肥不誘發病蟲害的優點。生物有機肥兼有生物肥和有機肥的優點，是比傳統農家肥更好的肥料。