使用微生物肥料的基本原則是因地制宜，選擇與環境和作物種類相匹配的微生物肥料。在使用微生物肥料的過程中，應考慮農業操作滿足相應微生物的生理需求發揮其作用。

選擇微生物肥料時，請注意以下事項：

(1)用微生物肥料須提供一定的有機質。有機質是微生物賴以生存的糧食。有機質高土地用微生物肥料效果顯著，有機質不足的土地單獨施用微生物肥料效果差一些。微生物肥料應配施一定量的有機肥，或微生物肥料中的載體含有微生物所需的有機質。

(2)針對不同品種的微生物肥料，采用不同的農藝措施，以獲得預期的針對性施肥效果。例如氮素高的土壤施用固氮菌，根瘤菌不夠明顯。含鋁、鐵、鈣的土壤單施可溶性磷肥效果不佳。施用磷細菌肥料能顯著提高可溶性磷肥的利用率。總磷含量高，有效磷含量低的土壤，用磷細菌肥料，再施一定的有機肥。連續不施可溶性磷肥，也不會出現缺磷癥狀。為了提高化學鉀肥的利用率，一定量的生物鉀肥可以大大節約化學鉀肥的用量，并帶來大大改良作物品質的效果。

(3)須正確使用。針對不同的作物和不同的生育期，選擇不同的施用方法和不同類型的菌肥。如撒、噴、灌、蘸等不同施肥方法，應選擇不同劑量類型的微生物肥料。比如拌種、蘸苗、噴施要用液態型。

(4)應用環境須有一定的濕度和適宜的溫度。施用微生物肥料后，天氣暴曬，水資源匱乏的土地效果不佳。

(5)除產品說明書注明的可配合使用的農藥外，不能與殺菌劑、消毒劑等農藥混用。

(6)注意不要暴露使用過程。如果噴施在上午9點前和下午5點后噴灑，如果噴灑后遇到大雨，則應在雨后噴灑。因為葉子的正面是多蠟疏水，背面是多孔的，噴在葉子背面比正面好。