生物有機肥營養元素均衡，可以改良土壤和因使用化肥造成的土壤板結。改良土壤理化性質，增強土壤保水、保肥、供肥能力。生物有機肥中的有益微生物進入土壤，與土壤中的微生物形成共生增殖關系，可以控制有害菌的生長并轉化為有益菌，相互作用，相互促進，群體間發揮協同作用。有益菌在生長繁殖過程中產生大量的代謝產物，促進有機物的分解和轉化，可以直接或間接為作物提供多種營養物質和刺激物質，從而促進和調節作物生長。提高土壤孔隙度、滲透性增加有益菌、土壤微生物和種群。同時，作物根系中形成的優勢有益菌能控制有害病原菌的繁殖，增強作物的抗性和抗病能力，可通過連年施用得到很大改變。